直通运行（Through service），是指渡轮行走所属航线部分或全部路段后，改行另一条航线。
营运个案[ | ]
- 翠华船务马料水至塔门航线及塔门至黄石航线：塔门航线大部分航班（星期六、日及假期马料水开出的12:25班次除外）到达塔门后，继续航行塔门至黄石航线，乘客不用下船。塔门至黄石航线10:35和16:55黄石码头开出的班次，到达塔门后继续航行马料水至塔门航线，乘客不用下船。
- 港九小轮中环至坪洲及喜灵洲至坪洲航线：中环航线部分班次到达坪洲后，会继续航程至喜灵洲。乘客由中环往喜灵洲，无需在坪洲登岸；但喜灵洲出发往中环的乘客，须在坪洲登岸及缴付船费，然后继续前往中环。
- 珠江客运九龙至南沙航线及番禺航线：九龙至南沙航线部分班次到达南沙后，继续前往番禺。
- 新渡轮横水渡航线及梅窝至中环航线：横水渡06:00长洲开出航班于到达梅窝后，继续航行梅窝至中环航线并停靠坪洲，乘客不用下船。
曾经直通运行的例子[ | ]
- 全记渡香港仔至南丫岛 (索罟湾) 航线：街渡服务星期一至六晚上大部分班次分拆为两条航线，即香港仔至模达湾，以及模达湾至南丫岛索罟湾。然而两条航线夜间班次营运方式与日间相近，变相是直通运行（即香港仔至索罟湾）。有关安排已随街渡航线并入渡轮航线而取消。
相关条目[ | ]
香港巴士大典条目：
香港铁路大典条目：
- 跳飞机