直通運行（Through service），是指渡輪行走所屬航線部份或全部航段後，改行另一條航線。
營運個案[]
- 翠華船務馬料水至塔門航線及塔門至黃石航線：塔門航線大部分航班（星期六、日及假期馬料水開出的12:25班次除外）到達塔門後，繼續航行塔門至黃石航線，乘客不用下船。塔門至黃石航線10:35和16:55黃石碼頭開出的班次，到達塔門後繼續航行馬料水至塔門航線，乘客不用下船。
- 港九小輪中環至坪洲及喜靈洲至坪洲航線：中環航線部分班次到達坪洲後，會繼續航程至喜靈洲。乘客由中環往喜靈洲，無需在坪洲登岸；但喜靈洲出發往中環的乘客，須在坪洲登岸及繳付船費，然後繼續前往中環。
- 珠江客運九龍至南沙航線及番禺航線：九龍至南沙航線部分班次到達南沙後，繼續前往番禺。
- 新渡輪橫水渡航線及梅窩至中環航線：橫水渡06:00長洲開出航班於到達梅窩後，繼續航行梅窩至中環航線並停靠坪洲，乘客不用下船。
曾經直通運行的例子[]
- 全記渡香港仔至南丫島 (索罟灣) 航線：街渡服務星期一至六晚上大部分班次分拆為兩條航線，即香港仔至模達灣，以及模達灣至南丫島索罟灣。然而兩條航線夜間班次營運方式與日間相近，變相是直通運行（即香港仔至索罟灣）。有關安排已隨街渡航線併入渡輪航線而取消。
相關條目[]
香港巴士大典條目：
香港鐵路大典條目：